W roku 1963 bp tarnowski Jerzy Ablewicz powołał do istnienia placówkę duszpasterską dla wiernych: Domacyn, Zadusznik, Przykopa i Dymitrowa-Mórg, wydzielając te wioski z parafii: Baranów Sandomierski i Padew Narodowa.

Z polecenia tegoż biskupa, obowiązki duszpasterskie przy kaplicy zbudowanej przez miejscową ludność w 1903 roku, a rozbudowanej w 1958 roku, pełnił ks. Kazimierz Krawczyk. 20 września 1972 roku aktem erekcyjnym bp Jerzy Ablewicz ustanowił Domacyny parafią a jej pierwszym proboszczem mianował ks. Kazimierza Krawczyka.
Kościół rozbudowany z kaplicy okazał się ciasny w pomieszczeniu wiernych. W 1974 roku bp tarnowski zachęcił wiernych do budowy nowego kościoła. Przez wiele lat wnoszono prośby do władz świeckich o zezwolenie na budowę kościoła.

Parafia otrzymała pozwolenie dopiero w 1980 roku, a budowę nowego kościoła rozpoczęto w 1981 roku poświęceniem placu budowy i krzyża. Architektem kościoła został dr Aleksander Böhm z Krakowa, konstruktorem mgr inż. Bogusław Brągiel z Krakowa, a miejscowy proboszcz był koordynatorem prac. W 1982 roku bp Władysław Bobowski poświęcił kamień węgielny pod kościół.
Trwające prace budowlane miały na celu przygotowanie do użytku liturgicznego tzw. kościoła dolnego. W tym czasie również została wybudowana nowa plebania (1984-1987) i założono cmentarz grzebalny.

1 lutego 1994 roku bp Edward Frankowski poświęcił dolny kościół. Nadal trwały intensywne prace. Kościół pokryto blachą, rozpoczęto ogrodzenie placu kościelnego. Cała wspólnota parafialna przygotowywała się do konsekracji świątyni. Niestety tej chwili nie doczekał ks. Kazimierz Krawczyk - pierwszy proboszcz Domacyn, który odszedł do Pana 30 kwietnia 2000 roku.
Jego dzieło podjął ks. Krzysztof Maziarz. 10 września 2000 roku bp Wacław Świerzawski poświęcił kościół górny. W tym czasie rozpoczęto ogrodzenie placu kościelnego oraz ułożono kostkę wokół świątyni.

W roku 2007 nowym proboszczem Domacyn został ks. Władysław Jabłoński, dotychczasowy rektor klasztoru NMP i św. Jacka w Klimontowie. Od roku 2008 wykonano szereg prac przy świątyni m.in. ogrzewanie gazowe, pomalowanie elewacji zewnętrznej, wykonanie iniekcji ciśnieniowej murów, wyłożenie schodów kamieniem naturalnym, pomalowanie wnętrza, wymiana części okien na aluminiowe. Kaplica NMP Częstochowskiej została zaadoptowana do potrzeb liturgicznych w okresie zimowym, a kościół dolny, po zakupieniu chłodni, służy jako kaplica przedpogrzebowa.

Dokończone zostały prace związane z ogrodzeniem placu kościelnego, powstał też nowy parking od strony stawu. W międzyczasie om parafialny został ocieplony i otynkowany, wymieniono okna na parterze i zainstalowano ogrzewanie gazowe.